Aunque es imprescindible minimizar al máximo el riesgo de provocar un hipotiroidismo iatrogénico, en el caso de que se produzca, este puede ser tratado. Cuando aparece hipotiroidismo se deben de administrar, durante toda la vida del paciente, las hormonas que su tiroides no puede producir.

Para ello se utiliza forma líquida de hormona tiroidea natural (levotiroxina o L-T4) que se administra una o dos veces al día por vía oral (gotas directamente en la boca o en la comida). El medicamento líquido no tiene sabor, por lo que suelen ser bien aceptadas por los gatos, y no está asociado con ningún efecto secundario. Simplemente estamos reemplazando parte de la hormona tiroidea que su tiroides no puede producir.